兽医微生物学家当前面临的关键挑战之一是需要及时获取稀有挑战性生物的安全物种识别微生物可致虫动物或无症状动物向量,但通常通过食物传递方式引起人类疾病动物园控制还涉及到食品微生物学,例如Salmonella和Campylabcce监控鸡蛋和全牛奶生产
兽医指令动物园监视对控制食物寄生病原体至关重要动物初级生产使用快速敏感识别技术监测微生物是兽医微生物师控制病原体在食物链中的发病和扩散所必须的监控抗生素抗药性也是兽医微生物学家的重中之重
除监视外,动物微生物家还关心动物病原体正在持续开发新技术和疫苗治疗动物,治疗牛头炎等疾病,但识别并区分与头炎相关联strevtococcusspp.相关物种需要研究暴发并发现新处理法